采用可編程序控制集中控制，操作簡單。系統主機（反滲透）部分分為自動和手動兩種控制方式。
  自動：選擇開關選擇自動狀態系統自動啟動。在運行狀態時系統會檢測各個水箱的水位狀態、各部分的故障狀態等，當某部分的條件滿足時這部分自動開始產水，而其他不滿足產水的部分繼續待機，待條件滿足后產水。
  各部分的工作流程如下：
  一級反滲透部分
  當原水箱水位低時，原水進水閥YV5開啟把原注入原水箱。當水位達到一級反滲部分設定的啟動水位時原水增壓泵啟動，一級反滲透進水電磁閥YV1開啟，當延時3秒鐘后一級高壓泵啟動，同時一級濃水電磁閥YV2開啟。此時系統檢測反滲透進水壓力是否高于設定值，壓力高時系統報警停機。如無故障系統在20秒以后關閉一級濃水閥YV2。當濃水閥關閉10秒后系統開始檢測一級高壓泵的進水壓力，當壓力低時系統報警停機。（一級低壓故障報警時原水增壓泵運行指示燈呈0.5秒間隔閃爍狀態，要復位故障請按下一級高壓泵手動啟動按鈕；一級高壓故障時一級高壓泵運行指示燈呈0.5秒間隔閃爍狀態，要復位故障請按下一級高壓泵手動啟動按鈕，故障復位后一級反滲透自動恢復產水狀態）。如無故障一級反滲透系統進入自動產水狀態，阻垢劑計量泵在一級高壓泵開始運行時投加藥劑。在自動產水過程中如若水箱水位條件不滿足時系統會自動待機，當水位滿足運行條件后又恢復運行。
  脫氣部分
  當一級水箱水位達到脫氣泵運行條件時中間水泵M3自動啟動，延時2秒后脫氣泵M4自動運行開始脫氣。當中間水箱水滿和一級水箱無水時脫氣部分停止運行，待到水位滿足運行條件后又自動恢復運行。
  二級反滲透部分
  二級反滲透部分的工藝流程和一級部分大體相同：
  前后水箱水位條件滿足，二級增壓泵M5啟動、二級進水閥YV3開啟，延時3秒后二級高壓泵M6 啟動，同時二級水閥YV4開啟。此時系統檢測二級反滲透進水壓力是否高于設定值，壓力高時系統報警停機，如故障系統在20秒以后關閉二級濃水閥YV4。（二級高壓故障報警時二級高壓泵運行指示燈呈0.5秒間隔閃爍狀態，要復位故障請按下二級高壓泵手動按鈕，故障復位后二級自動恢復產水狀態）。如無故障二級反滲透系統進入自動產水狀態。在自動產水過程中如若水箱水位條件不滿足時系統會自動待機，當水位滿足運行條件后又自動恢復運行。
  手動：當選擇開關手動狀態時有效，并且外部的水位條件都滿足才可以運行。在運行過程中當外部條件不滿足時系統會停機。
  一級反滲透部分
  手動啟動原水增壓泵M1（面板上的原水增壓泵手動啟/停按鈕，按一次啟動、再按一次停止，其他同理），一級進水閥YV1同時開啟。一級高壓泵M2需在增壓泵啟動3秒后才可以啟動，啟動方法和增壓泵相同。一級高壓泵啟動后檢測出水側高壓保護信號同時濃水閥開啟，延時20秒后自動關閉，阻垢劑量泵在一級高壓泵開始運行時投加藥劑。當濃水閥關閉10秒后檢測一級高壓泵進水側壓力，和自動時同樣當兩個壓力故障任一個激活時系統停止并報警，故障的指示和復位方式與自動運行時相同，不同的是手動運行時當故障復位后不會恢復運行，要再運行需重新啟動。無故障，則故障則一級反滲透進入產水狀態。
  停機時先停止高壓泵（再按一次按鈕），然后再停止增壓泵。
  脫氣部分
  確認前后水箱水位狀態和閥門狀，在控制柜上分別啟動中間水泵和脫氣泵。條件不滿足不能啟動。
  二級反滲透部分
  手動啟動二級增壓泵M5，二級高壓泵M6需在二級增壓泵M5啟動3秒后才可以啟動，啟動方法和增壓相同。二級高壓泵啟動后檢測出水側高壓保護信號同時二級濃水閥YV4開啟，延時20秒后自動關閉。和自動時同樣當二級高壓力故障激活時系統停止并報警，故障的指示和復位方式與自動運行時相同，不同的是手動運行時當故障復位后不會恢復運行，要再運行需重新啟動。無故障則二級反滲透進入產水狀態。
  停機時先停止高壓泵（再按一次按鈕），然后再停止增壓泵。
  純化水泵、混床、清洗部分
  純化水輸送泵
  純化水泵不受手動和自動控制，當閥門在運行狀態時啟動純水泵即可，當對應的指示燈點亮時表示純水泵在啟動狀態。純水泵的輸送管道上安裝有壓力保護開關，當壓力低時純水泵開始供水，壓力高于設定值時停止供水，當壓力下降到一定值后純水泵自動繼續供水如果不安裝壓力差開關時請短接I027和COM端。
  混床不受手動和自動限制，當閥門在運行狀態時啟動超純水泵即可，當對應的指示燈點亮時表示超純水泵（混床）在啟動狀態。超純水泵的輸送管道上安裝有壓力保護開關，當壓力低時超純水輸送泵開始供水，壓力高于設定值時停止供水，當壓力下降到一定值后超純水泵自動繼續供水。如果不安裝壓力差開關時請短接I030和COM端。
  清洗泵
  清洗泵是用來清洗反滲透膜組件的，當確認可以運行清洗泵時用清洗泵啟動/停止按鈕啟動即可，要停止再按一次。